БУЗОО «Клинический медико-хирургический центр Министерства здравоохранения Омской области» (КМХЦ) был основан 18 января 2006 года на базе двух крупнейших медицинских учреждений города Омска: Областной специализированной травматолого-ортопедической больницы (СТОБ) и Медико-санитарной части №10 (МСЧ-10) и взял на вооружение лучшее от слияния этих двух крупных, известных в Омской области больниц.
Омская областная специализированная травматолого-ортопедическая больница начала работу в 1974 году. Все годы существования больницы здесь базировалась кафедра травматологии, ортопедии и военно-полевой хирургии, ведущие специалисты которой принимали активное участие не только в образовательном процессе, но и лечебной работе СТОБ. В частности большое влияние на лечебный процесс и огромную работу о формированию слаженного квалифицированного коллектива проделал корифей российской травматологии профессор А. Н. Горячев, бывший в то время главным травматологом Омской области. Основное стационарное отделение больницы осуществляло неотложную помощь пострадавшим с травмами различной локализации. Высочайшая квалификация специалистов позволяла успешно использовать в работе отделения все самые современные методики лечения и виды операций, включая импланты костей, суставов и позвоночника, фиксаторы внутри- и внеочаговой локализации.
В 1979 году своих первых пациентов начала принимать поликлиника МСЧ-10. В августе 1981 года был введён в эксплуатацию терапевтический корпус. Новый этап в развитии медсанчасти был связан с созданием крупного многопрофильного стационара, который ввели в строй в 1983 году. Практически сразу он завоевал прочные позиции одного из лучших в Омске, где работают высококвалифицированные специалисты. Именно в МСЧ-10 была установлена первая в области эндовидеохирургическая стойка и успешно выполнена первая лапороскопическая операция. Приоритетными направлениями стали органосохраняющие медицинские технологии в хирургии, гепатологии, оперативной эндоскопии, минимально инвазивной урологии. Медсанчасть была крупной клинической базой Омской медицинской академии и Медицинского колледжа Минздрава России. По материалам научных разработок передовых направлений в хирургии были защищены 3 докторские диссертации, 7 кандидатских диссертаций.
В отделениях терапевтического профиля были разработаны и внедрены новые методики комбинированной медикаментозной и эндоскопической терапии язвенной болезни, деструктивных форм пневмонии.
В августе 2006 года произошло объединение этих двух уникальных медицинских учреждений. Базой для нового медицинского центра была выбрана МСЧ-10. Начал свою работу Клинический медико-хирургический центр.